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重点海域保护管理系统是指以自然保护为目的，引入多学科交叉的科学管理理念和技术手段，从资源保护、环境监测、风险评估、管理规划、社会参与等方面，实现对海洋生态系统和生物多样性的有效保护和管理。其实践应用范围覆盖了海洋自然保护区、生态渔业区、海水养殖区、海域环保区和特殊水域等领域。
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